仙游现代中学现行的初中生学费标准是2007年核定的，近几年来由于教学基础设施建设及教师增资等原因，仙游现代中学初中生生均教育成本有所提高。根据《福建省物价局、福建省教育厅、福建省劳动和社会保障厅、福建省财政厅关于印发<福建省民办教育收费管理实施细则>的通知》（闽价[2006]费154号）规定精神，综合考虑该校的生均教育成本、办学条件、规模及教学质量的实际情况和群众的承受能力，以及现行我市各民办学校审批学费水平的平衡关系，经研究，仙游现代中学初中生学费标准调整为每生每学年6000元。自2010年秋季七年级新生入学起执行，执行期三年，并实行“新生新办法，老生老办法”的规定，其他事项仍按原规定执行。